Fondé en 1083 par l'évêque de Genève, Guy de Faucigny (dont les ruines du château de la dynastie surplombent toujours la vallée de l'Arve, au-dessus du village de La Perrine à Contamine-sur-Arve) le prieuré clunisien fut ruiné par les troupes bernoises, genevoises et françaises en 1589.
De ce monastère, il ne subsiste qu'une partie de la belle église dominant, de sa masse imposante, le village de Contamine-sur-Arve. Visitant le prieuré en 1607, le grand prieur de Cluny,
Jean Papon remarque que les moines "disent la messe dans la moitié de l'église du temps passé". L'examen de la façade actuelle confirme les propos du visiteur. Elle est composée de l'arc doubleau qui séparait deux travées et d'un remplissage dans lequel on a placé, au centre, un portail de réemploi, portant le blason des Barnabites.
Cette construction, élevée en grandes assises de tuf du pays, avec de grands contreforts et une tour ronde éclairée par d'étroites meurtrières abrite l'escalier conduisant à une pièce supérieure et au clocher. Taillé dans la mollasse, au-dessus des chapiteaux extérieurs, un personnage grimaçant regarde vers l'extérieur. C'est l'orgueilleux qui se détourne de la parole de Dieu.
Face-à-face, accolé à un chien symbole de la fidélité, un autre personnage dont le regard se tourne vers l'intérieur de l'église accepte la parole de Dieu.
C'est la confrontation de deux mondes.
L'intérieur de ce monument, long de 24 m. 50, large de 9 m. 25 et haut de 14 m. 20 est partagé en trois travées d'inégales largeurs – celle du centre étant plus large. La première est surmontée du clocher. Les piliers séparant les travées, à moitié engagés dans les murs, martelés à la base (en 1589), présentent diagonalement des faisceaux
de colonnettes taillées dans la mollasse du pays, surmontés de chapiteaux à feuillages sculptés. Ils reçoivent les arcs doubleaux et les nervures, à doubles tores, qui portent les voûtes à croisées d'ogives.
Les clefs de voûte représentent successivement un pélican penché sur son petit (symbole de l'Eucharistie – qui, normalement aurait dû être placé au-dessus de l'autel -, le 
Christ glorieux ressuscité, la main droite levée et la gauche tenant une croix et, dans le chœur, le Christ entre le soleil et la lune, figurant la création du monde.
La travée orientale est celle du chœur actuel. La fenêtre du chevet plat à grand arc ogival a été murée, laissant apparaître, à l'extérieur, les meneaux de molasse.
Les piliers sont couronnés de chapiteaux végétaux. Le premier de gauche, en entrant présente une Vierge à l'enfant et le troisième de droite, deux portraits qui pourraient être ceux des bienfaiteurs du prieuré : Béatrix de Faucigny et son gendre Humbert 1er du Viennois
.
Nous remarquons deux têtes humaines sur la porte de la tourelle d'escalier, une tête humaine et une de bovidé sur la porte murée du cloître.
A gauche, en entrant, le bénitier taillé dans la pierre porte le nom de Celse Morin (prieur du couvent de 1551 à 1560).
Derrière les stalles (aujourd'hui déposées) on trouve trois niches finement sculptées et dans le même style, un sacrarium.
La chaire à cinq pans datée de 1663, est signée "C. F. VITUPIEY".
Derrière l'autel, contre le mur du chevet, cachant l'ancienne fenêtre, le retable encadré de colonnes cannelées représente quatre bienheureux : Louis Alaman (notamment prieur des Clunisiens de Contamine vers 1430), Ponce de Faucigny, Amédée IX et sa fille, Louise de Savoie sont en extase devant la Vierge Marie Couronnée avec son fils sur le bras gauche. En bas, le duc de Savoie Charles Emmanuel 1er et son fils Victor Amédée de Savoie. Le petit tableau coiffant le retable représente Saint Paul, patron des Barnabites.
Par une trouvaille exceptionnelle, le maître d'œuvre a résolu les problèmes que posait le désaxement des fenêtres, rendu nécessaire par l'asymétrie des locaux conventuels, de la sacristie et de la tourelle du clocher.
Aucune des fenêtres ne ressemble à sa voisine : celle du fond, bouchée aujourd'hui avait sans doute plusieurs meneaux avec un tympan dont on aperçoit des arcatures. Quant aux fenêtres latérales trois fois plus hautes que larges, deux sont en tiers-point, celle du chevet triple, celle de la deuxième travée nord, double ; les quatre autres sont inscrites dans un encadrement carré. Pour chacune d'elles, l'architecte a encore accentué les différences. Les meneaux et les rosaces tri ou quadrilobées s'y découpent capricieusement. Rien de comparable ne se voit ailleurs dans les églises médiévales.
Il y a lieu de faire un rapprochement entre les baies de Contamine et celles des châteaux de Chillon, d'Yverdon ou gallois comme Harlech, Conway, Beaumaris….
Nous devons ces merveilles à un architecte de génie savoyard, Maître Jacques de Saint Georges d'Espéranche, parti en Angleterre dans le sillage de Pierre II de Savoie
au 13ème siècle.
Au sud du chœur, la sacristie, est de plan carré. La voûte d'ogives aux nervures profilées est ornée en son centre d'un Agneau pascal supportant une croix de sa patte antérieure droite repliée. La fenêtre sud-ouest est digne d'intérêt.
Au-dessus de la sacristie se trouve une salle à laquelle on accède par un escalier extérieur. Une fenêtre bouchée maintenant, donnait sur le chœur.
Il ne reste aucune trace du cloître clunisien si ce n'est la porte murée qui le reliait au chœur. Elle porte une tête humaine et une de bovidé.
La maison presbytérale, au sud de l'église a fière allure. Les recherches concernant sa construction sont encore à faire.
Références : Revue Savoisienne 1950 aux Archives Départementales de Haute Savoie
- Oursel – Art en Savoie – Arthaud
- Guy L. – Patrimoine archéologique et artistique du Faucigny
- Bouchage François – Le prieuré de Contamine-sur-Arve – Ginet Chambéry
